Certaines familles Ninjas possèdent des pouvoirs spéciaux liés à leurs yeux. Le Dojutsu est l'ensemble de ces techniques. Actuellement nous connaissons que 2 types de Dojutsu. Celui du clan Uchiwa, le Sharingan, qui permet entre autre de copier les technique de son adversaire mais aussi d’anticiper ses mouvements. Celui du Clan Hyuuga, le Byakugan, permet de voir la circulation du Chakra de son adversaire mais aussi d’éviter les coups de celui-ci.
Le Byagukan
Le Byakugan est la technique héréditaire du clan Hyuuga. Tous les membres de cette famille le possèdent, qu’ils fassent partie de la branche principale, comme Hinata, ou de la branche secondaire, comme Neji. Il ne possède pas de niveaux d’évolution et est très caractérisé. Le Byakugan donne à l'utilisateur la capacité unique et dévastatrice de pouvoir voir à travers n'importe quoi, de savoir ce qu'une personne pense juste par les mouvements de ses yeux, d'avoir une vision à 360°... S'ajoute à ça, la capacité mortelle de pouvoir voir la circulation du chakra dans le corps. Il n'y a plus qu'à bloquer les Tensketsu (points de chakra) pour rendre son adversaire complètement impuissant. Ceux qui l’utilisent ont les yeux qui sont blancs et des veines apparaissent de chaque côté de leur visage quand ils l'utilisent. C’est un Doujutsu ou l’art d’utiliser les pupilles.
Le Byakugan offre une fantastique capacité visuelle, ils sont capables de voir a plusieurs kilomètres, ou ils peuvent l'utiliser pour voir dans un rayon de 50 mètres autour d'eux. Ils peuvent aussi voir a travers leurs cibles ou l'intérieur de leur corps ou encore de savoir ce qu'une personne pense juste par les mouvements de ses yeux. Le Byakugan sert à la technique de combat des Hyuuga: le jyuken, grâce a celui-ci ils peuvent voir le chakra qui est normalement indétectable, ainsi que les Tenketsus.
Les sharingan
Le sharingan est une technique de Dojutsu qui permet a son utilisateur de savoir les actions ou mouvements de son adversaire à l'avance, ce qui l'arrange donc pour avoir une plus grande facilité pour esquiver les coups et attaques de son ennemi, ce Dojutsu permet egalement de copier les techniques qui sont utilisées contre son possesseur. Plus la pupille possède de marques noires - appellée virgule - et plus elle est puissante sauf cas du Mangekyou sharingan. Le Sharingan est la pupille héréditaire au sein du clan Uchiha de Konoha. Le sharingan est un Dojutsu puissant et peu le devenir encore plus selon la maitrise de son possesseur. Cette pupille permet d'avoir un avantage non négligeable pendant un combat mais le gros inconvénient du sharingan c'est qu'il dépense beaucoup de chakra surtout si il est combiné a une autre technique comme avec le Chidori. Le sharingan a ses atouts mais aussi ses faiblesses.
Une virgule
C'est la première forme du sharingan, elle ne possède qu'une seule marque noire et donc elle est la forme la moins avancée du sharingan et aussi la moins puissante. Cette forme est généralement utilisée par les ninjas de bas niveau du clan Uchiha (les jeunes qui viennent juste d'apprendre à maitriser le sharingan). Elle permet quand même d'avoir un tout petit avantage sur son adversaire.
Deux virgules
C'est la seconde forme du sharingan un peu plus performante que la précédente, , elle possède cette fois 2 marques noires. Utilisé souvent par les Genins du clan Uchiha. Sasuke Uchiha a utilisé cette pupille pendant un grand moment de sa formation de ninja, quand il est Genin, Obito Uchiha possédait cette forme l'a également.
Trois virgules
C'est la troisième forme du sharingan, elle possède trois marques noires. Cette forme permet d'avoir un énorme avantage sur son ennemi et permet de lancer des sorts de Genjutsu relativement puissant. Cette forme la est utilisée par les membres du clan Uchiha assez puissant, généralement les adultes ou adolescents . Kakashi, Itachi Uchiha et son frère Sasuke utilisent cette forme la.
Le Mangekyou Sharingan
Il est encore plus rare de trouver un membres possédant le Mangekyou Sharingan que le sharingan simple. C'est une technique aussi horrible que puissante. Horrible dans sa manière de l'acquérir : Il faut pour ça tuer son meilleur ami. Puissante pour plusieurs raisons : Il permet entre autre de décupler les pouvoirs du sharingan, ou de lancer "Confusion des 1.000 Sharingans", ce qui permet de déstabiliser un adversaire possédant lui-même un sharingan.